内衬玻璃管虽然具有许多优点，如化学稳定性高、耐磨、耐腐蚀、耐高温等，但也有一些缺点需要注意。

首先，内衬玻璃管在安装和使用过程中需要特别小心。过大的集中载荷和冲击，以及不适当的夹持和装卸，都可能导致内衬玻璃损坏。这就要求操作人员在安装和使用时要非常谨慎，并遵循相关的操作规程。

其次，内衬玻璃管在某些特定条件下可能不适用。例如，它不适用于pH值大于12的强碱介质中。因此，在选择使用内衬玻璃管时，需要特别注意介质的性质和条件。

此外，虽然内衬玻璃管具有耐高温的特性，但具体的耐温范围可能会受到制作工艺、材料质量等因素的影响。因此，在实际应用中，需要根据具体情况评估其耐高温性能。

另外，虽然内衬玻璃管具有优良的耐腐蚀性，但如果长时间暴露在某些强腐蚀性介质中，还是有可能出现腐蚀现象。这就需要在使用过程中进行定期检查和维护，以确保其长期稳定运行。

最后，内衬玻璃管的成本相对较高，这可能会在一定程度上限制其在一些低成本项目中的应用。因此，在选择是否使用内衬玻璃管时，需要综合考虑其性能和成本因素。

综上所述，虽然内衬玻璃管具有许多优点，但也存在一些缺点需要注意。在实际应用中，需要根据具体的使用条件和要求进行评估和选择。